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清军入关后，顺治时期便开始大肆开凿中运河，到了现在也彻底结束了借黄河行运的时代，并建成黄、淮、运交汇枢纽，缓和河面比降，减轻浊流灌运，改善了漕运条件。总督漕运部院衙门漕运方法基本承明制，但又多了几个名目：正兑米，运京仓粮，定额三百三十万石；改兑米，运通州仓粮，定额七十万石；改征，将漕粮改征为其他品种；折征，将漕粮折算成银，价银统归地丁项内，上报户部。

除此之外，清廷又实行截漕（也就是各地漕粮起运后，地方遇灾，截留部分作为赈济，或截一地漕粮运往另一地）和拨运（主要指截留山东、河南所运蓟州漕粮，拨充陵寝及驻防兵米）等措施。漕船数与编制和明代稍稍有一点不同，一般以府、州为单位，十人一船，十船一帮，十船互保。总数由一万零四百五十五只升为一万四千五百只，而实际运于漕运的仅七千只左右。每船装运量不得超过五百石，另外还可以装当地的土产往返于各口岸行销。

也就在康熙登基之后，清廷最终开始实行官收官运制度，承运者是卫所军籍中较殷实的军丁（运丁）。发运时每船配运军一名，运副一名，雇募水手九至十名。各省运军水手多少不等，总数在十万名左右。漕运最高长官为漕运总督。驻守淮安。其下为各省粮道，共七人，掌本省粮储。辖所属军卫，遴选领运随帮官员，责成各府会齐、佥选运军等；坐守水次，监督、验明漕粮兑换，面交押运官，并随船督行到淮安，呈报总督盘验。

押运。原为粮道之责，后选管粮通判一人，专门负责督押。约束运军，后因官卑职微，仍由粮道押运。领运官，由千总一人或二人领运。武举人一名随帮效力。为确保漕运无误。于淮安、济宁、天津、通州运河沿线设置巡漕御史，稽察本段漕运。此外，淮安淮北沿河置有镇道将领，以催促入境漕船前行；在镇江与瓜州的南漕枢纽处，由镇江道催促，同时由总兵官（后改为副将）巡视河岸，协同督促漕船过江。

只是现在，漕运源头被马尾军掌控。那么京城每年所需的三百万石粮食便没有了着落。有道是粮饷粮饷，粮在饷之前。没有粮食，就算给再多的银钱那也算没用的，毕竟银子也不

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